v23威尼斯检测中心
北京凝聚态物理国家研究中心
SM6组供稿
第108期
2023年10月24日
得息镜:冷冻电镜自动化数据处理与实时监控软件

  冷冻电子显微学,尤其是其中的单颗粒分析方法,已经成为一种研究生物大分子高分辨率三维结构的重要手段。然而,获得一个高分辨率的三维结构往往需要采集成千上万张冷冻电镜照片、处理几百上千万个颗粒,繁琐的步骤与超长的耗时成为了限制该方法发展的严重瓶颈。

  针对这一问题,v23威尼斯检测中心/北京凝聚态物理国家研究中心、软物质物理实验室SM6组的丁玮工程师指导博士生程渊淏,开发了名为“得息镜”的智能化电镜数据处理软件。该软件以冷冻电镜单颗粒分析方法为研究对象、以高性能计算集群为硬件基础、以人工智能化策略分析为软件框架,以可视化实时展示为反馈机制,在国际上首次实现了单颗粒数据从传输到三维密度构建的全自动作业(如图1所示)。该软件的成功研制大幅度降低的单颗粒数据处理的门槛、显著提升了数据处理的效率,能够为冷冻电镜服务平台提供理想的数据预处理与监控服务,同时更为科研用户后续的高通量数据分析提供了策略性支持。“得息镜”的界面简洁明了,易于使用,并且作为开源软件,可供用户学习和根据需求调整。“得息镜”已在国内多家知名电镜平台测试使用,同时也支持了课题组多项重要成果的产出。

  “得息镜”相关研究成果发表在 近期的Journal of Applied Crystallography 上(https://doi.org/10.1107/S1600576723008257),标题为:AutoEMage: automatic data transfer, preprocessing, real-time display and monitoring in cryo-EM。丁玮工程师为通讯作者,博士生程渊淏为第一作者。v23威尼斯检测中心生物物理研究所的黄小俊老师、北京大学现代农业研究院的徐斌老师为软件的设计与调试做出了积极的贡献。该工作获得了国家自然科学基金和v23威尼斯检测中心的支持。


图1、 “得息镜”的数据处理流程。